Enquanto instituição particular de ensino superior, sem fins lucrativos, a FACIHUS tem sua administração organizada em nível superior e em nível das unidades de ensino, pesquisa e extensão. A Administração Superior tem como Órgão Deliberativo a Congregação e o Conselho de Coordenadores e como Órgão executivo a Diretoria Geral e seus Órgãos Auxiliares, o Instituto Superior de Educação e a Coordenação de Ensino, Pesquisa, Extensão e Pós-Graduação. A Administração Básica constitui-se pelos Colegiados de Cursos e respectivas Coordenações.

Dirigentes:

Diretor Geral: Prof. Guilherme Marcos Ghelli
Chefe do Setor Financeiro e Administrativa: Maristela Lucindo
Secretária Geral: Verinha Costa de Oliveira
Coordenadores de Cursos de Bacharelado e Licenciaturas:
Administração: Prof. MSc. Ricardo José dos Santos
Licenciatura em Letras: Profª MSc. Kelma Gomes Mendonça Ghelli
Pedagogia: Prof.ª MSc. Daniela Mota Fernandes
C. Biológicas: Prof. Rafael César Bolelli Faria